Paide Linnameeskonna teekond Eesti Meistriliiga suunas algas 2004. aastal, mil Paide FC Flora nime all lõpetati 4. liiga läänepiirkond kuuenda kohaga. Järgmisest aastast sai alguse Eesti liigajalgpalli unikaalne edulugu, sest neljal järjestikusel hooajal tõusti liigapüramiidis aina kõrgemale kuni Meistriliigani välja.
Paide jalgpallurid olid meistrivõistlusi mänginud juba 90-ndate algusest saadik, mil osaleti Esiliigast neljada liigani Järvamaa JK, Järvamaa JK/Arieks, Paide Arieks ja Paide JK nime all.
2005. aastal sai Paide FC Flora 4. liiga läänepiirkonnas Kärdla Linnameeskonna ja Saku FC Balteco järel kolmanda koha. Järgmisel hooajal oldi veelgi edukamad, saavutades esikoha 3. liiga lõunapiirkonnas Võru Jalgpalliklubi ees. Seejuures lõi Paide 22 mänguga 100 väravat, millest liiga parima väravaküti Rauno Rikbergi arvele kanti koguni 48!
2007. aasta tõi Paidele 2. liiga lõuna/lääs piirkonna võidu Sõrve JK ja Tartu JK Maag Tammeka III võistkonna ees. Rikberg oli taas hooaja parim väravakütt (33 väravat), tabelis järgmine mees oli 26 tabamusega toona 16-aastane Albert Prosa (Maag/Tammeka III).
2008. aastal mängis Paide juba Esiliigas, kus neljas koht tagas koha üleminekumängudele. Otse tõusis Meistriliigasse FC Kuressaare, liigavõitja Levadia II ja kolmanda koha saanud Flora II mõistagi tõusta ei saanud. Otsustavaks kujunes seejuures eelviimase vooru 2:1 võit Valga Warriori üle, keda lõpuks edestatigi kolme punktiga.
Järgnes dramaatiline üleminekuduell Pärnu Vaprusega, keda kodus võideti 2:1. Pärnus oli Paide veel 70. minutiks turvaliselt 3:1 ees, kuid siis lõid Vapruse mehed viie minutiga kolm väravat ja otsisid tuliselt võidutabamust. Tihedas lumesajus rohkem väravaid siiski ei sündinud ja Paide tõus Meistriliigasse oligi tõsiasi!
Esimest hooaega uut nime kandva Paide Linnameeskonna debüüthooaeg Meistriliigas algas 2009. aastal 0:3 ja 0:6 allajäämistega Narvale ja Sillamäele. Esimeses “kodumängus” Sportland Arenal teeniti 0:0 viigipunkt FC Kuressaare vastu ning esimene võit tuli viiendast voorust, kus Taavi Lauritsa väravast saadi 1:0 jagu Tallinna Kalevist. Esimest korda mängiti kodupubliku ees 2. mail, kui FC Levadiale jäädi 450 pealtvaataja ees alla 0:3. See on ka tänaseni Paide kodumängude publikurekordiks. 20. voorust pärineb Paide läbi aegade suurim kaotus meistriliigas, kui Nõmme Kaljule jäädi võõrsil alla 0:10. Kauaoodatud esimene võit Paides võeti 25. juulil, kui Meelis Rooba ja Andero Pebre väravatest saadi 2:1 jagu Tammekast. Hooaja kokkuvõttes koguti 6 võitu, 4 viiki, 26 kaotust ja 22 punkti (väravate vahe 21:97) ning 9. koht. Üleminekumängudega jäädi siiski püsima (1:0 võit ja 1:1 viik Valga Warrioriga). Resultatiivsem väravakütt: Meelis Rooba (5).
2010. aastal parandas Paide oma lõppkohta, edestades FC Kuressaaret 1 punktiga ja 8. koht tagas püsimajäämise. Hooaja saldoks oli 6 võitu, 7 viiki, 23 kaotust ja 25 punkti (väravate vahe 30:79). Resultatiivsem väravakütt: Mihail Ištšuk (6). 2010. aastal alustas meeskonna peatreenerina tööd Meelis Rooba.
2011. aasta oli seevastu juba oluliselt parem ning lõpp eriti hiilgav. Esmalt saadi oktoobris tänu Mait Nõmme väravale 1:0 jagu FC Levadiast ning hooaja viimases mängus võideti Hiiul ligi 600 pealtvaataja ees Nõmme Kaljut 2:1. Meelis Rooba hoolealused kogusid tervelt 45 punkti (13 võitu, 6 viiki, 17 kaotust, väravate vahe 40:51). Meeskonna parima väravakütina lõi Tiit Tikenberg 10 väravat. Hooaja kokkuvõttes tuli tugev kuues koht ja parima amatöörklubi tiitel.
Korralik hooaeg tehti ka 2012. aastal, mil saldoks oli 42 silma (11 võitu, 9 viiki, 16 kaotust väravate vahega 34:52). Tasuks jällegi kuues koht, kusjuures neljanda-viienda koha jaganud Trans ja Sillamäe jäid 13 punkti kaugusele. Sillamäega mängiti seejuures kahel korral viiki ja kahes mängus saavutati võit. Suurim väravakütt: Stanislav Goldberg (7).
Klubi ajaloo kõige edukamaks hooajaks kujunes 2013. aasta, mil murti profiklubide hegemoonia ning lõpetati Levadia, Kalju, Sillamäe ja Flora järel ning Infoneti ja Transi ees viienda kohaga. Huvitava faktina võideti toona Premium liigas debüteerinud Infoneti meeskonda kõigis neljas omavahelises mängus. 15 võitu, 2 viiki ja 19 kaotust (väravate vahe 43:58) andsid kokku 47 punkti. Suurimad väravakütid: Andre Mägi ja Lauri Varendi (7).
2014. aastal suuri ei üllatatud ning 35 punkti tõttu tuli leppida kuuenda kohaga. 9 võidu ja 8 viigi kõrvale saadi 19 kaotust (väravate vahe 39:67). Suurim väravakütt: Rasmus Tomson (8).
2015. aasta algas nukralt, sest esimese ringi järel oldi 9 voorust kogutud 2 punktiga punaseks laternaks. Samas oldi väga lähedal eurokohale, kuid unistuse lõpetas A.Le Coq Arenal karikafinaali 0:2 kaotus Nõmme Kaljule. Hooaja teises pooles sai Paide end lõpuks käima – Soccerneti lugejate poolt „hooaja mänguks“ valitud duellis võideti kodupubliku ees Kalju 5:4! Hooaja viimases mängus saadi aga ajalooline esimene võit FC Flora üle, kes Paides sai kätte oma 10. meistritiitli karika. Lõpuks tuli kokku 33 silma (9 võitu, 6 viiki, 21 kaotust, väravate vahe 50:73). Vjatšeslav Zahovaiko oli 17 tabamusega kogu Premium liiga kolmas väravalööja.
